台灣的農藥管理是雙軌制，藥劑的使用許可由農委會防檢局負責，但是在食品上面的農藥安全殘留量則是由衛福部食藥署負責。殘留量的決定並非只有農藥需要做，許多生活中會接觸到的化學品也會經過科學研究之後訂定殘留容許量，以保障國人的健康。像是許多的食品添加物，包含色素、防腐劑、安定劑、乳化劑等等，之前鬧的沸沸揚揚的美耐皿(三聚氰胺)事件，便是作為非法的蛋白添加劑使用而造成了民眾的恐慌。
講到農藥使用的安全問題，要從毒性開始認識。農藥的毒性決定有兩個階段，第一個階段是原體，也就是純度很高的農藥成分，做為製造各種劑型的原料。第二個階段是製劑的毒性，也就是原體經過加工之後在末端使用的毒性。衛生單位在決定一個化學物質對於人體的毒性時，需要透過許多的毒理測試來評估。在急毒性評估的部份，主要是使用小鼠做為受試的個體，分別進行口服、皮膚、呼吸等毒性測試。評估的結果以LD50做為數據化的基礎，這個數值代表著在這個劑量處理之下，受試驗的動物會有一半死亡。通常劑量小於5mg/kg的稱為極劇毒，5~50mg/kg的稱為劇毒，50~500mg/kg的稱為中等毒，500~5000mg/kg的為輕毒，大於5000mg/kg的則稱為低毒。依照對動物的急毒性實驗結果，經過適當的換算，可以得到這項藥劑對人的急毒性程度。目前國內已經完全禁止極劇毒農藥的使用，相同成分的農藥，都必須經過轉換劑型到對人體較為安全的程度，才能夠繼續上市，劇毒農藥也在逐年退場中。
