有機農業相較於慣行農法，沒有使用農藥、化肥，因此在品種的選擇、土壤管理、田區耕種規劃、水源管理等等，都比慣行農法要更具技術性，並不是單單憑著熱血跟理想埋首去做就能有好結果。有機農法注重的是保育環境而不是追求品質和產量，在台灣生產面積已經大幅縮減的情形下，要在維持產量和環境中取得平衡是非常辛苦的。
在台灣的生產環境下，有機農業最大的考驗是隔離。許多的有機品為什麼會在市面上被驗出仍然有農藥殘留，並不一定是農夫偷偷噴藥，而可能是由隔壁的田地噴灑農藥，藥滴隨著風勢吹送過來。尤其現在儀器非常精密，若隔離做的不好，尤其是露天栽培的有機農產品發生污染的機率就非常的高。經常發生有機農民和一般農民因為隔離問題爭吵的事件，這是台灣發展有機農業要克服的一大問題，因為土地私有化的緣故，每個農民的持份都不大，隔離措施便無法徹底執行，雖說有機農業規範中訂定有機田生產的時候，田邊可留緩衝帶，但土地面積已經不大了，再隔出隔離帶勢必又降低了可生產面積。況且，在風力強勁的狀況下，微細藥滴可以飛行超過一百公尺遠，隔離帶是否能發揮作用仍有未知之處。
其次是水源的取得，尤其是有機稻米需要水田的灌溉用水，而台灣的灌溉渠道阡陌相連，水田的施藥跟施肥有很大一部份是直接散佈在水田內或從入水口直接注入，水頭放藥，水尾的田多少就會受到一點影響。因此有機稻米需要大區域的栽種，確保水源的潔淨。山區的灌溉用水大多來自山泉或溪水引流，較沒有工業污染的問題，平地大多自行鑿井抽取地下水或是仰賴灌溉渠道供水作為灌溉使用。說來慚愧，大河的水通常被攔住供給工業之用，平地的地下水又不能保證水質潔淨，附近如果有不肖的工廠污水沒有經過處理偷偷排放，除了進入河川之外，滲透進入地下水後造成的污染層面更寬更廣。
病蟲害防治是另一個有機農業的大挑戰，由於無法仰賴化學藥劑的緣故，生產的思維必須從「發生後治療」改變成「杜絕發生」和「早期防範」。這恰巧和一般的農民操作模式相反，傳統的農民為了節省藥劑的使用，通常都會和天來賭一把，如果這期的作物沒有得病被蟲咬，藥錢就能省下來。但是，十賭九輸，天不從人願，大多數的時候都是被逼到不得不噴之後，再投入大量的藥劑去防治。很多的農藥殘留和病蟲害抗藥性的產生，都是因為這種錯誤的施藥觀念造成的。其實不只是有機農業要遵循預防勝於治療的觀念，一般的農業種植遵循這樣的方式也能達到省藥、安全、有效率地防治。有機農業需要農夫更敏銳的觀察，病害發生時便要果斷地進行病株病葉清除、焚燒的工作，以避免更進一步的感染。不過現在礙於環保法規，在田裡焚燒植株有時還會遭到取締，實在是件很令人兩難的事。另外，選擇較能抗病蟲害的品種也是一個方式，不過魚與熊掌難以兼得，雖然育種學家不斷的努力，有些抗病蟲品種的食用口感跟營養價值還是比不上一般的商業品種。
有機農業栽種出來的農產品，只要農夫用心照顧，品質也是相當不錯的。但一般人的迷思都是「有機的農產品品質一定比較好」其實這並不是一定的。以食品安全的角度來說，有機農產品的確減少了農藥殘留的風險，但是大量仰賴有機質肥料的結果，如果沒有充分日照讓植物分解氮源，反而會讓作物內部蓄積大量的亞硝酸根，造成另一層的風險。
對於有機農業，我們應該以這是對環境友善，恢復大地元氣的一種栽培方式來看待。如果僅僅為了要吃的健康，折衷在一般慣行農法和有機農業中間的無毒農業更貼切需求，這是比一般農法施藥更嚴格，在作物幼小需要藥劑保護時給予藥劑，之後用栽培手法盡量減少農藥使用，達到採收的時候農藥殘留均為非常微量的栽培方式。兼顧生產成本和食品安全，符合現代人的需求。
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