有機農業相較於慣行農法,沒有使用農藥、化肥,因此在品種的選擇、土壤管理、田區耕種規劃、水源管理等等,都比慣行農法要更具技術性,並不是單單憑著熱血跟理想埋首去做就能有好結果。有機農法注重的是保育環境而不是追求品質和產量,在台灣生產面積已經大幅縮減的情形下,要在維持產量和環境中取得平衡是非常辛苦的。
在台灣的生產環境下,有機農業最大的考驗是隔離。許多的有機品為什麼會在市面上被驗出仍然有農藥殘留,並不一定是農夫偷偷噴藥,而可能是由隔壁的田地噴灑農藥,藥滴隨著風勢吹送過來。尤其現在儀器非常精密,若隔離做的不好,尤其是露天栽培的有機農產品發生污染的機率就非常的高。經常發生有機農民和一般農民因為隔離問題爭吵的事件,這是台灣發展有機農業要克服的一大問題,因為土地私有化的緣故,每個農民的持份都不大,隔離措施便無法徹底執行,雖說有機農業規範中訂定有機田生產的時候,田邊可留緩衝帶,但土地面積已經不大了,再隔出隔離帶勢必又降低了可生產面積。況且,在風力強勁的狀況下,微細藥滴可以飛行超過一百公尺遠,隔離帶是否能發揮作用仍有未知之處。